Pada kesempatan tersebut, Fatoni juga memaparkan bahwa proses pengukuran Indeks Inovasi Daerah dan penilaian penghargaan IGA diawali dari pelaporan inovasi yang dilakukan daerah. Pada tahapan itu, daerah melakukan _inputing_ data inovasi secara mandiri disertai dengan dokumen pendukungnya melalui situs web indeks.inovasi.litbang.kemendagri.go.id. Data inovasi yang telah terinput, dapat dilihat hasilnya secara terbuka, transparan dan _real time_ melalui sistem tersebut, sehingga daerah bisa memonitor setiap saat perkembangan nilai Indeks Inovasi Daerah dan posisi rankingnya. Seluruh upaya tersebut, imbuh Fatoni, dilakukan untuk menjamin obyektivitas dan akuntabilitas dalam penilaian, sehingga bisa dipertanggungjawabkan kepada semua pihak. “Penilaian kami buat berlapis lapis, agar bisa saling mengawasi dan mengontrol. Ada mekanisme _quality control_,” kata Fatoni.
Fatoni menjelaskan selama ini pemerintah daerah telah menghasilkan banyak inovasi. Kondisi itu terus mengalami peningkatan sejak dilakukan pengukuran dan penilaian Indeks Inovasi Daerah. Hanya saja, lanjut Fatoni, daerah perlu melakukan sejumlah upaya agar inovasi yang dihasilkan tersebut dapat terus dijalankan. “Tantangan kita ke depan adalah terus mendorong dan memacu daerah untuk meningkatkan inovasinya. Untuk itu, daerah harus mendorong inovasi sebanyak banyaknya, namun harus tetap memerrhatikan kualitas dan manfaatnya,” pungkas Fatoni.